DMR 90 chr1:8412601-8412800 (200bp)

DMR Stats
Positionchr1:8412601-8412800 (View on UCSC)
Width200bp
Genomic Context3' end
Nearest GenesRERE (0bp away)
ANODEV p-value0.00882488275659
FrequenciesBenign: 7.0 (100.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
90 RERE 171 uc001apd.3 chr1 8412464 8483747 - 200 100.0 0.13 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (100) 100.0
90 RERE 171 uc001ape.3 chr1 8412464 8877699 - 200 100.0 0.13 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (100) 100.0
90 RERE 171 uc001apf.3 chr1 8412464 8877699 - 200 100.0 0.27 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (100) 100.0
  • 3 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
90 chr1 8412346 8412615 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 2 score:267, srow:6700
90 chr1 8412661 8412975 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 8 score:253, srow:6701
90 chr1 8412700 8412708 tfbsConsSites V$EVI1_06 score:939, zScore:3.02, srow:15642
90 chr1 8412703 8412713 tfbsConsSites V$GATA_C score:895, zScore:1.88, srow:15643
90 chr1 8412465 8412664 phastConsElements100way lod=2699 score:776, srow:30374
90 chr1 8412666 8412695 phastConsElements100way lod=217 score:526, srow:30375
90 chr1 8412698 8412708 phastConsElements100way lod=120 score:467, srow:30376
90 chr1 8412714 8412729 phastConsElements100way lod=120 score:467, srow:30377
90 chr1 8412734 8412736 phastConsElements100way lod=17 score:274, srow:30378
90 chr1 8412745 8412752 phastConsElements100way lod=28 score:323, srow:30379
90 chr1 8412763 8412769 phastConsElements100way lod=43 score:366, srow:30380
90 chr1 8412787 8412788 phastConsElements100way lod=18 score:280, srow:30381
90 chr1 8412799 8412802 phastConsElements100way lod=17 score:274, srow:30382
  • 13 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
90 cellmeth_recounts PrEC: 70, LNCaP: 5, DU145: 4
90 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=106, B=4, Length=440, Event=Down, log2FC=-4.73, padj=0
90 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=106, B=3, Length=440, Event=Down, log2FC=-5.14, padj=0
90 cellexp id=ENSG00000142599, name=RERE, PrEC=6064, str=5062, LNCaP=2677, str=2048, DU145=3741, str=3492
90 tcgameth site:cg18184092, B=0.43, L=0.5, H=0.5
90 tcgaexp gene=RERE, entrez=473, pos=chr1:8412464-8877699(-), B=16405, L=21660, M=21844, H=23766
90 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
90 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305