DMR 98 chr1:9789151-9789300 (150bp)

DMR Stats
Positionchr1:9789151-9789300 (View on UCSC)
Width150bp
Genomic Context3' end
Nearest GenesPIK3CD, CLSTN1 (0bp away)
ANODEV p-value0.00639712047202
FrequenciesBenign: 7.0 (100.0%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
98 PIK3CD 186 uc001aqb.4 chr1 9711790 9789172 + 22 14.67 0.13 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (14.67) 100.0
98 PIK3CD 186 uc001aqe.4 chr1 9770163 9789172 + 22 14.67 0.19 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (14.67) 100.0
98 CLSTN1 189 uc001aqf.3 chr1 9789079 9793604 - 150 100.0 0.19 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (100) 100.0
98 CLSTN1 189 uc001aqh.3 chr1 9789079 9884550 - 150 100.0 0.37 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (100) 100.0
98 CLSTN1 189 uc001aqi.3 chr1 9789079 9884550 - 150 100.0 0.19 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (100) 100.0
98 PIK3CD 186 uc010oaf.2 chr1 9751525 9789172 + 22 14.67 0.37 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (14.67) 100.0
98 CLSTN1 189 uc010oag.2 chr1 9789079 9884550 - 150 100.0 0.19 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (100) 100.0
98 PIK3CD 186 uc021ogb.1 chr1 9751525 9789172 + 22 14.67 0.19 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (14.67) 100.0
  • 8 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
98 chr1 9789046 9789995 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 23 score:730, srow:8003
98 chr1 9789211 9789237 phastConsElements100way lod=45 score:370, srow:35402
98 chr1 9789243 9789247 phastConsElements100way lod=24 score:308, srow:35403
98 chr1 9789251 9789256 phastConsElements100way lod=23 score:304, srow:35404
98 chr1 9789260 9789267 phastConsElements100way lod=15 score:262, srow:35405
98 chr1 9789270 9789271 phastConsElements100way lod=84 score:432, srow:35406
98 chr1 9789276 9789279 phastConsElements100way lod=14 score:255, srow:35407
98 chr1 9789284 9789294 phastConsElements100way lod=30 score:330, srow:35408
98 chr1 9788293 9790292 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:674
  • 9 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
98 cellmeth_recounts PrEC: 60, LNCaP: 4, DU145: 3
98 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=139, B=5, Length=880, Event=Down, log2FC=-4.8, padj=0
98 cellmeth_diffreps_PrECvsDU145 A=139, B=5, Length=860, Event=Down, log2FC=-4.8, padj=0
98 cellexp id=ENSG00000171603, name=CLSTN1, PrEC=41825, str=115801, LNCaP=21400, str=18325, DU145=12597, str=14891
98 cellexp id=ENSG00000171608, name=PIK3CD, PrEC=3834, str=3787, LNCaP=5830, str=5059, DU145=960, str=444
98 tcgaexp gene=PIK3CD, entrez=5293, pos=chr1:9711790-9789172(+), B=655, L=521, M=502, H=510
98 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
98 tcgaexp gene=CLSTN1, entrez=22883, pos=chr1:9789079-9884550(-), B=24900, L=28852, M=28857, H=25563
98 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305