DMR 24923 chr1:3624101-3624350 (250bp)

DMR Stats
Positionchr1:3624101-3624350 (View on UCSC)
Width250bp
Genomic Context3' end
Nearest GenesTP73 (0bp away)
ANODEV p-value0.00630417628206
FrequenciesBenign: 2.0 (28.57%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
24923 TP73 124 uc001akp.3 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 1.6 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc001akr.3 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 3.72 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc001aks.3 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 1.6 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc009vlk.2 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 13.83 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc009vll.3 chr1 3614610 3625098 + 250 100.0 13.3 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2) 100.0
24923 TP73 124 uc010nzj.2 chr1 3607236 3646315 + 250 100.0 2.48 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc010nzk.2 chr1 3614610 3652765 + 250 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofb.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofc.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.07 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofd.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofe.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.22 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021off.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.07 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofg.1 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofh.1 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 0.06 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofi.1 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 0.23 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) 0.0
  • 15 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
24923 chr1 3624260 3624273 tfbsConsSites V$GATA1_03 score:852, zScore:1.77, srow:6886
24923 chr1 3624283 3624289 tfbsConsSites V$EN1_01 score:973, zScore:1.79, srow:6887
24923 chr1 3624284 3624292 tfbsConsSites V$ZIC2_01 score:884, zScore:1.68, srow:6888
24923 chr1 3624303 3624315 tfbsConsSites V$RORA1_01 score:916, zScore:2.5, srow:6889
24923 chr1 3624331 3624347 tfbsConsSites V$XBP1_01 score:781, zScore:1.66, srow:6890
24923 chr1 3624341 3624356 tfbsConsSites V$TAL1BETAE47_01 score:864, zScore:2.11, srow:6891
24923 chr1 3624342 3624355 tfbsConsSites V$MYCMAX_01 score:821, zScore:2.08, srow:6892
24923 chr1 3624192 3624192 cosmic COSM1686907 srow:2465
24923 chr1 3624192 3624192 cosmic COSM1686906 srow:2466
24923 chr1 3624237 3624237 cosmic COSM426168 srow:2467
24923 chr1 3624244 3624244 cosmic COSM1342233 srow:2468
24923 chr1 3624256 3624256 cosmic COSM1342234 srow:2469
24923 chr1 3624258 3624258 cosmic COSM242013 srow:2470
24923 chr1 3624302 3624302 cosmic COSM1296355 srow:2471
24923 chr1 3624323 3624323 cosmic COSM340571 srow:2472
24923 chr1 3624325 3624325 cosmic COSM76791 srow:2473
24923 chr1 3624110 3624124 phastConsElements100way lod=181 score:508, srow:15945
24923 chr1 3624126 3624168 phastConsElements100way lod=408 score:589, srow:15946
24923 chr1 3624170 3624186 phastConsElements100way lod=182 score:509, srow:15947
24923 chr1 3624188 3624195 phastConsElements100way lod=89 score:438, srow:15948
24923 chr1 3624197 3624216 phastConsElements100way lod=151 score:490, srow:15949
24923 chr1 3624218 3624225 phastConsElements100way lod=92 score:441, srow:15950
24923 chr1 3624227 3624243 phastConsElements100way lod=215 score:525, srow:15951
24923 chr1 3624245 3624255 phastConsElements100way lod=125 score:471, srow:15952
24923 chr1 3624257 3624258 phastConsElements100way lod=27 score:320, srow:15953

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
24923 cellmeth_recounts PrEC: 0, LNCaP: 15, DU145: 1
24923 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=0, B=11, Length=220, Event=Up, log2FC=Inf, padj=0.00296620769710024
24923 cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 A=11.76, B=0, Length=200, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=0.00547907730955432
24923 cellexp id=ENSG00000078900, name=TP73, PrEC=67, str=27, LNCaP=532, str=348, DU145=65, str=27
24923 tcgameth site:cg14159342, B=0.27, L=0.64, H=0.54
24923 tcgaexp gene=TP73, entrez=7161, pos=chr1:3569129-3652765(+), B=296, L=155, M=180, H=163
24923 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
24923 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305