DMR 36872 chr1:155931701-155931850 (150bp)
| DMR Stats | |
|---|---|
| Position | chr1:155931701-155931850 (View on UCSC) |
| Width | 150bp |
| Genomic Context | 3' end |
| Nearest Genes | ARHGEF2 (0bp away) |
| ANODEV p-value | 0.000944776208772 |
| Frequencies | Benign: 1.0 (14.29%), Low: 0.0 (0.0%), High: 6.0 (66.67 %) |
| Frequent? |
Region Count Boxplot
Region Overview
Gene Overlaps
| Dmrid | Gene Symbol | Gene Id | Isoform Id | Isoform Chr | Isoform Start | Isoform End | Isoform Strand | Overlap Bp | Query Overlap Per | Isoform Overlap Per | Noncoding | Promoter Per | Exonintron Per | End Per |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 36872 | ARHGEF2 | 1846 | uc001fmr.2 | chr1 | 155916630 | 155947966 | - | 150 | 100.0 | 0.1 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (100), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) | 0.0 |
| 36872 | ARHGEF2 | 1846 | uc001fms.2 | chr1 | 155916630 | 155948336 | - | 150 | 100.0 | 0.08 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (100), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) | 0.0 |
| 36872 | ARHGEF2 | 1846 | uc001fmt.2 | chr1 | 155916630 | 155948336 | - | 150 | 100.0 | 0.18 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (100), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (0), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0) | 0.0 |
| 36872 | ARHGEF2 | 1846 | uc001fmu.2 | chr1 | 155916630 | 155959864 | - | 150 | 100.0 | 0.1 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0), I14 (100), E15 (0), I15 (0), E16 (0), I16 (0), E17 (0), I17 (0), E18 (0), I18 (0), E19 (0), I19 (0), E20 (0), I20 (0), E21 (0), I21 (0), E22 (0), I22 (0), E23 (0), I23 (0), E24 (0), I24 (0), E25 (0), I25 (0), E26 (0) | 0.0 |
| 36872 | ARHGEF2 | 1846 | uc010pgt.1 | chr1 | 155931452 | 155949081 | - | 150 | 100.0 | 0.36 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (100), E11 (0) | 100.0 |
| 36872 | ARHGEF2 | 1846 | uc010pgu.1 | chr1 | 155931452 | 155959290 | - | 150 | 100.0 | 0.13 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (100), E14 (0) | 100.0 |
- 6 geness
Feature Overlaps
| Dmrid | Feature Chr | Feature Start | Feature End | Set | Name | Fields |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 36872 | chr1 | 155931803 | 155932332 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | TFAP2A | score:393, expCount:1, expNums:369, expScores:393, srow:265220 |
| 36872 | chr1 | 155931805 | 155932074 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | SMC3 | score:983, expCount:2, expNums:313,408, expScores:161,983, srow:265221 |
| 36872 | chr1 | 155931816 | 155932331 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | TFAP2C | score:661, expCount:1, expNums:370, expScores:661, srow:265222 |
| 36872 | chr1 | 155931820 | 155932083 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | BHLHE40 | score:191, expCount:1, expNums:276, expScores:191, srow:265223 |
| 36872 | chr1 | 155931821 | 155932037 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | FOSL2 | score:1000, expCount:1, expNums:52, expScores:1000, srow:265224 |
| 36872 | chr1 | 155931827 | 155932136 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | E2F4 | score:160, expCount:1, expNums:562, expScores:160, srow:265225 |
| 36872 | chr1 | 155931829 | 155932088 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | STAT3 | score:110, expCount:1, expNums:565, expScores:110, srow:265226 |
| 36872 | chr1 | 155931840 | 155932091 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | RAD21 | score:1000, expCount:8, expNums:108,149,193,264,280,355,405,466, expScores:223,354,172,1000,226,130,719,873, srow:265227 |
| 36872 | chr1 | 155931843 | 155932132 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | USF2 | score:170, expCount:1, expNums:417, expScores:170, srow:265228 |
| 36872 | chr1 | 155931700 | 155931704 | phastConsElements100way | lod=45 | score:370, srow:555423 |
- Previous
- Page 2 of 2
- 10 of 35 featuress
Omics Overlaps
| Dmrid | Omic Set | Data | Plot |
|---|---|---|---|
| 36872 | cellmeth_recounts | PrEC: 0, LNCaP: 3, DU145: 0 |  |
| 36872 | cellexp | id=ENSG00000116584, name=ARHGEF2, PrEC=4903, str=4662, LNCaP=3135, str=610, DU145=8638, str=7522 |  |
| 36872 | tcgameth | site:cg13921921, B=0.47, L=0.64, H=0.56 |  |
| 36872 | tcgaexp | gene=ARHGEF2, entrez=9181, pos=chr1:155916630-155959864(-), B=1901, L=1256, M=1196, H=1373 |  |
| 36872 | tcgaexp | gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305 |  |
| 36872 | pubmed | gene=ARHGEF2, G=78, GP=2, GC=23, GM=0, GPM=0, GCM=0 |  |