DMR 24923 chr1:3624101-3624350 (250bp)

DMR Stats
Positionchr1:3624101-3624350 (View on UCSC)
Width250bp
Genomic Context3' end
Nearest GenesTP73 (0bp away)
ANODEV p-value0.00630417628206
FrequenciesBenign: 2.0 (28.57%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
24923 TP73 124 uc001akp.3 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 1.6 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc001akr.3 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 3.72 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc001aks.3 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 1.6 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc009vlk.2 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 13.83 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc009vll.3 chr1 3614610 3625098 + 250 100.0 13.3 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2) 100.0
24923 TP73 124 uc010nzj.2 chr1 3607236 3646315 + 250 100.0 2.48 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc010nzk.2 chr1 3614610 3652765 + 250 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofb.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofc.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.07 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofd.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofe.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.22 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021off.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.07 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofg.1 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofh.1 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 0.06 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofi.1 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 0.23 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) 0.0
  • 15 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
24923 chr1 3623522 3625521 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:465
24923 chr1 3624306 3624635 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 5 score:554, srow:2903
24923 chr1 3623802 3624397 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 ZNF263 score:234, expCount:1, expNums:368, expScores:234, srow:10278
24923 chr1 3623865 3624384 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 SIN3A score:271, expCount:1, expNums:357, expScores:271, srow:10279
24923 chr1 3624344 3624361 phastConsElements100way lod=268 score:547, srow:15962
24923 chr1 3624341 3624356 tfbsConsSites V$TAL1BETAE47_01 score:864, zScore:2.11, srow:6891
24923 chr1 3624342 3624355 tfbsConsSites V$MYCMAX_01 score:821, zScore:2.08, srow:6892
24923 chr1 3624331 3624347 tfbsConsSites V$XBP1_01 score:781, zScore:1.66, srow:6890
24923 chr1 3624335 3624342 phastConsElements100way lod=132 score:477, srow:15961
24923 chr1 3624329 3624333 phastConsElements100way lod=85 score:433, srow:15960
24923 chr1 3624296 3624327 phastConsElements100way lod=358 score:576, srow:15959
24923 chr1 3624325 3624325 cosmic COSM76791 srow:2473
24923 chr1 3624323 3624323 cosmic COSM340571 srow:2472
24923 chr1 3624303 3624315 tfbsConsSites V$RORA1_01 score:916, zScore:2.5, srow:6889
24923 chr1 3624302 3624302 cosmic COSM1296355 srow:2471
24923 chr1 3624293 3624294 phastConsElements100way lod=45 score:370, srow:15958
24923 chr1 3624284 3624292 tfbsConsSites V$ZIC2_01 score:884, zScore:1.68, srow:6888
24923 chr1 3624284 3624291 phastConsElements100way lod=119 score:467, srow:15957
24923 chr1 3624283 3624289 tfbsConsSites V$EN1_01 score:973, zScore:1.79, srow:6887
24923 chr1 3624266 3624282 phastConsElements100way lod=194 score:515, srow:15956
24923 chr1 3623935 3624278 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 GABPA score:177, expCount:1, expNums:140, expScores:177, srow:10282
24923 chr1 3624255 3624273 tfbsConsSites V$AHRARNT_02 score:801, zScore:2.24, srow:6885
24923 chr1 3624260 3624273 tfbsConsSites V$GATA1_03 score:852, zScore:1.77, srow:6886
24923 chr1 3624263 3624264 phastConsElements100way lod=28 score:323, srow:15955
24923 chr1 3624020 3624263 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 REST score:466, expCount:1, expNums:144, expScores:466, srow:10284
  • Page 1 of 3
  • 25 of 60 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
24923 cellmeth_recounts PrEC: 0, LNCaP: 15, DU145: 1
24923 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=0, B=11, Length=220, Event=Up, log2FC=Inf, padj=0.00296620769710024
24923 cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 A=11.76, B=0, Length=200, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=0.00547907730955432
24923 cellexp id=ENSG00000078900, name=TP73, PrEC=67, str=27, LNCaP=532, str=348, DU145=65, str=27
24923 tcgameth site:cg14159342, B=0.27, L=0.64, H=0.54
24923 tcgaexp gene=TP73, entrez=7161, pos=chr1:3569129-3652765(+), B=296, L=155, M=180, H=163
24923 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
24923 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305