DMR 24923 chr1:3624101-3624350 (250bp)
| DMR Stats | |
|---|---|
| Position | chr1:3624101-3624350 (View on UCSC) |
| Width | 250bp |
| Genomic Context | 3' end |
| Nearest Genes | TP73 (0bp away) |
| ANODEV p-value | 0.00630417628206 |
| Frequencies | Benign: 2.0 (28.57%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %) |
| Frequent? |
Region Count Boxplot
Region Overview
Gene Overlaps
| Dmrid | Gene Symbol | Gene Id | Isoform Id | Isoform Chr | Isoform Start | Isoform End | Isoform Strand | Overlap Bp | Query Overlap Per | Isoform Overlap Per | Noncoding | Promoter Per | Exonintron Per | End Per |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24923 | TP73 | 124 | uc001akp.3 | chr1 | 3569129 | 3652765 | + | 250 | 100.0 | 1.6 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) | 0.0 |
| 24923 | TP73 | 124 | uc001akr.3 | chr1 | 3607236 | 3652765 | + | 250 | 100.0 | 3.72 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) | 0.0 |
| 24923 | TP73 | 124 | uc001aks.3 | chr1 | 3607236 | 3652765 | + | 250 | 100.0 | 1.6 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) | 0.0 |
| 24923 | TP73 | 124 | uc009vlk.2 | chr1 | 3607236 | 3652765 | + | 250 | 100.0 | 13.83 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) | 0.0 |
| 24923 | TP73 | 124 | uc009vll.3 | chr1 | 3614610 | 3625098 | + | 250 | 100.0 | 13.3 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2) | 100.0 |
| 24923 | TP73 | 124 | uc010nzj.2 | chr1 | 3607236 | 3646315 | + | 250 | 100.0 | 2.48 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0) | 0.0 |
| 24923 | TP73 | 124 | uc010nzk.2 | chr1 | 3614610 | 3652765 | + | 250 | 100.0 | 0.08 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) | 0.0 |
| 24923 | TP73 | 124 | uc021ofb.1 | chr1 | 3569129 | 3652765 | + | 250 | 100.0 | 0.08 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) | 0.0 |
| 24923 | TP73 | 124 | uc021ofc.1 | chr1 | 3569129 | 3652765 | + | 250 | 100.0 | 0.07 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) | 0.0 |
| 24923 | TP73 | 124 | uc021ofd.1 | chr1 | 3569129 | 3652765 | + | 250 | 100.0 | 0.05 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) | 0.0 |
| 24923 | TP73 | 124 | uc021ofe.1 | chr1 | 3569129 | 3652765 | + | 250 | 100.0 | 0.22 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) | 0.0 |
| 24923 | TP73 | 124 | uc021off.1 | chr1 | 3569129 | 3652765 | + | 250 | 100.0 | 0.07 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) | 0.0 |
| 24923 | TP73 | 124 | uc021ofg.1 | chr1 | 3607236 | 3652765 | + | 250 | 100.0 | 0.08 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) | 0.0 |
| 24923 | TP73 | 124 | uc021ofh.1 | chr1 | 3607236 | 3652765 | + | 250 | 100.0 | 0.06 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) | 0.0 |
| 24923 | TP73 | 124 | uc021ofi.1 | chr1 | 3607236 | 3652765 | + | 250 | 100.0 | 0.23 | 0 | 0.0 | E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) | 0.0 |
- 15 geness
Feature Overlaps
| Dmrid | Feature Chr | Feature Start | Feature End | Set | Name | Fields |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 24923 | chr1 | 3623686 | 3624215 | wgEncodeRegDnaseClusteredV2 | 28 | score:1000, srow:2902 |
| 24923 | chr1 | 3623935 | 3624278 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | GABPA | score:177, expCount:1, expNums:140, expScores:177, srow:10282 |
| 24923 | chr1 | 3623876 | 3624251 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | ZKSCAN1 | score:178, expCount:1, expNums:418, expScores:178, srow:10280 |
| 24923 | chr1 | 3623802 | 3624397 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | ZNF263 | score:234, expCount:1, expNums:368, expScores:234, srow:10278 |
| 24923 | chr1 | 3623941 | 3624250 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | E2F4 | score:267, expCount:1, expNums:562, expScores:267, srow:10283 |
| 24923 | chr1 | 3623865 | 3624384 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | SIN3A | score:271, expCount:1, expNums:357, expScores:271, srow:10279 |
| 24923 | chr1 | 3624257 | 3624258 | phastConsElements100way | lod=27 | score:320, srow:15953 |
| 24923 | chr1 | 3624260 | 3624261 | phastConsElements100way | lod=28 | score:323, srow:15954 |
| 24923 | chr1 | 3624263 | 3624264 | phastConsElements100way | lod=28 | score:323, srow:15955 |
| 24923 | chr1 | 3624293 | 3624294 | phastConsElements100way | lod=45 | score:370, srow:15958 |
| 24923 | chr1 | 3624329 | 3624333 | phastConsElements100way | lod=85 | score:433, srow:15960 |
| 24923 | chr1 | 3624188 | 3624195 | phastConsElements100way | lod=89 | score:438, srow:15948 |
| 24923 | chr1 | 3624218 | 3624225 | phastConsElements100way | lod=92 | score:441, srow:15950 |
| 24923 | chr1 | 3624020 | 3624263 | wgEncodeRegTfbsClusteredV3 | REST | score:466, expCount:1, expNums:144, expScores:466, srow:10284 |
| 24923 | chr1 | 3624284 | 3624291 | phastConsElements100way | lod=119 | score:467, srow:15957 |
| 24923 | chr1 | 3624245 | 3624255 | phastConsElements100way | lod=125 | score:471, srow:15952 |
| 24923 | chr1 | 3624335 | 3624342 | phastConsElements100way | lod=132 | score:477, srow:15961 |
| 24923 | chr1 | 3624197 | 3624216 | phastConsElements100way | lod=151 | score:490, srow:15949 |
| 24923 | chr1 | 3624110 | 3624124 | phastConsElements100way | lod=181 | score:508, srow:15945 |
| 24923 | chr1 | 3624170 | 3624186 | phastConsElements100way | lod=182 | score:509, srow:15947 |
| 24923 | chr1 | 3624266 | 3624282 | phastConsElements100way | lod=194 | score:515, srow:15956 |
| 24923 | chr1 | 3624227 | 3624243 | phastConsElements100way | lod=215 | score:525, srow:15951 |
| 24923 | chr1 | 3624344 | 3624361 | phastConsElements100way | lod=268 | score:547, srow:15962 |
| 24923 | chr1 | 3624306 | 3624635 | wgEncodeRegDnaseClusteredV2 | 5 | score:554, srow:2903 |
| 24923 | chr1 | 3624296 | 3624327 | phastConsElements100way | lod=358 | score:576, srow:15959 |
- Page 1 of 3
- Next
- 25 of 60 featuress
Omics Overlaps
| Dmrid | Omic Set | Data | Plot |
|---|---|---|---|
| 24923 | cellmeth_recounts | PrEC: 0, LNCaP: 15, DU145: 1 |  |
| 24923 | cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP | A=0, B=11, Length=220, Event=Up, log2FC=Inf, padj=0.00296620769710024 |  |
| 24923 | cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 | A=11.76, B=0, Length=200, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=0.00547907730955432 |  |
| 24923 | cellexp | id=ENSG00000078900, name=TP73, PrEC=67, str=27, LNCaP=532, str=348, DU145=65, str=27 |  |
| 24923 | tcgameth | site:cg14159342, B=0.27, L=0.64, H=0.54 |  |
| 24923 | tcgaexp | gene=TP73, entrez=7161, pos=chr1:3569129-3652765(+), B=296, L=155, M=180, H=163 |  |
| 24923 | tcgaexp | gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019 |  |
| 24923 | tcgaexp | gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305 |  |