DMR 24923 chr1:3624101-3624350 (250bp)

DMR Stats
Positionchr1:3624101-3624350 (View on UCSC)
Width250bp
Genomic Context3' end
Nearest GenesTP73 (0bp away)
ANODEV p-value0.00630417628206
FrequenciesBenign: 2.0 (28.57%), Low: 6.0 (100.0%), High: 9.0 (100.0 %)
Frequent?

Region Count Boxplot

Region Overview

Gene Overlaps

Dmrid Gene Symbol Gene Id Isoform Id Isoform Chr Isoform Start Isoform End Isoform Strand Overlap Bp Query Overlap Per Isoform Overlap Per Noncoding Promoter Per Exonintron Per End Per
24923 TP73 124 uc001akp.3 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 1.6 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0), I13 (0), E14 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc001akr.3 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 3.72 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc001aks.3 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 1.6 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc009vlk.2 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 13.83 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc009vll.3 chr1 3614610 3625098 + 250 100.0 13.3 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2) 100.0
24923 TP73 124 uc010nzj.2 chr1 3607236 3646315 + 250 100.0 2.48 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc010nzk.2 chr1 3614610 3652765 + 250 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofb.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofc.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.07 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofd.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.05 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0), I12 (0), E13 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofe.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.22 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021off.1 chr1 3569129 3652765 + 250 100.0 0.07 0 0.0 E1 (0), I1 (0), E2 (0), I2 (0), E3 (0), I3 (4.8), E4 (95.2), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0), I10 (0), E11 (0), I11 (0), E12 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofg.1 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 0.08 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofh.1 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 0.06 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0), I9 (0), E10 (0) 0.0
24923 TP73 124 uc021ofi.1 chr1 3607236 3652765 + 250 100.0 0.23 0 0.0 E1 (0), I1 (4.8), E2 (95.2), I2 (0), E3 (0), I3 (0), E4 (0), I4 (0), E5 (0), I5 (0), E6 (0), I6 (0), E7 (0), I7 (0), E8 (0), I8 (0), E9 (0) 0.0
  • 15 geness

Feature Overlaps

Dmrid Feature Chr Feature Start Feature End Set Name Fields
24923 chr1 3623522 3625521 cpgShore — values(x.gr)[overs$srow, ]:465
24923 chr1 3623686 3624215 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 28 score:1000, srow:2902
24923 chr1 3624306 3624635 wgEncodeRegDnaseClusteredV2 5 score:554, srow:2903
24923 chr1 3624302 3624302 cosmic COSM1296355 srow:2471
24923 chr1 3624244 3624244 cosmic COSM1342233 srow:2468
24923 chr1 3624256 3624256 cosmic COSM1342234 srow:2469
24923 chr1 3624192 3624192 cosmic COSM1686906 srow:2466
24923 chr1 3624192 3624192 cosmic COSM1686907 srow:2465
24923 chr1 3624258 3624258 cosmic COSM242013 srow:2470
24923 chr1 3624323 3624323 cosmic COSM340571 srow:2472
24923 chr1 3624237 3624237 cosmic COSM426168 srow:2467
24923 chr1 3624325 3624325 cosmic COSM76791 srow:2473
24923 chr1 3623941 3624250 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 E2F4 score:267, expCount:1, expNums:562, expScores:267, srow:10283
24923 chr1 3623935 3624278 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 GABPA score:177, expCount:1, expNums:140, expScores:177, srow:10282
24923 chr1 3624020 3624263 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 REST score:466, expCount:1, expNums:144, expScores:466, srow:10284
24923 chr1 3623865 3624384 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 SIN3A score:271, expCount:1, expNums:357, expScores:271, srow:10279
24923 chr1 3623898 3624141 wgEncodeRegTfbsClusteredV3 SIX5 score:86, expCount:1, expNums:152, expScores:86, srow:10281
24923 chr1 3624201 3624219 tfbsConsSites V$AHRARNT_02 score:783, zScore:1.9, srow:6876
24923 chr1 3624255 3624273 tfbsConsSites V$AHRARNT_02 score:801, zScore:2.24, srow:6885
24923 chr1 3624236 3624251 tfbsConsSites V$ARP1_01 score:800, zScore:1.89, srow:6883
24923 chr1 3624224 3624234 tfbsConsSites V$CP2_01 score:894, zScore:1.98, srow:6880
24923 chr1 3624207 3624218 tfbsConsSites V$EGR2_01 score:845, zScore:1.96, srow:6877
24923 chr1 3624283 3624289 tfbsConsSites V$EN1_01 score:973, zScore:1.79, srow:6887
24923 chr1 3624260 3624273 tfbsConsSites V$GATA1_03 score:852, zScore:1.77, srow:6886
24923 chr1 3624208 3624217 tfbsConsSites V$HMX1_01 score:853, zScore:2.39, srow:6879
  • Page 1 of 3
  • 25 of 60 featuress

Omics Overlaps

Dmrid Omic Set Data Plot
24923 cellmeth_recounts PrEC: 0, LNCaP: 15, DU145: 1
24923 cellmeth_diffreps_PrECvsLNCaP A=0, B=11, Length=220, Event=Up, log2FC=Inf, padj=0.00296620769710024
24923 cellmeth_diffreps_LNCaPvsDU145 A=11.76, B=0, Length=200, Event=Down, log2FC=-Inf, padj=0.00547907730955432
24923 cellexp id=ENSG00000078900, name=TP73, PrEC=67, str=27, LNCaP=532, str=348, DU145=65, str=27
24923 tcgameth site:cg14159342, B=0.27, L=0.64, H=0.54
24923 tcgaexp gene=TP73, entrez=7161, pos=chr1:3569129-3652765(+), B=296, L=155, M=180, H=163
24923 tcgaexp gene=SRSF10, entrez=10772, pos=chr1:36273-24306953(-), B=3487, L=3388, M=3432, H=4019
24923 tcgaexp gene=LOC100133331, entrez=100133331, pos=chr1:322037-180753553(-), B=268, L=328, M=271, H=305